В Total Commander присутствует встроенная поддержка архиваторов ZIP, ARJ, LZH, GZ, TAR, RAR и ACE, встроенный FTP-клиент, расширенные средства для работы с файлами и директориями (копирование, перемещение, удаление и т.д.). Total Commander работает с сетевыми дисками, поддерживает метод Drag&Drop, осуществляет запуск программ из командной строки с установленными параметрами. В файловый менеджер Total Commander можно подключить плагины, которые значительно расширяют его возможности.

Основные возможности:
- Обновлённый пользовательский интерфейс: плоские кнопки под Windows XP, новые иконки файлов, архивов, кнопок дисков и т.д.;
- Возможность установки различных цветов для фона файлов и папок;
- Режим редактирования и ручной синхронизации при сравнении файлов по содержимому;
- Отдельное окно с деревом папок для каждой из панелей – новая концепция для Total Commander особенно понравится владельцам широкоформатных мониторов;
- Во встроенном Листере появилась возможность отображения курсора, центрирования изображений и уменьшения больших изображений;
- Возможность изменения значения полей контентных плагинов в диалоге изменения атрибутов;
- Журнал файловых операций;
- Отображение буквы диска во вкладках;
- Поддержка настраиваемых колонок и эскизов страниц для системных плагинов;
- Инструмент группового переименования файлов позволяет редактировать имена файлов напрямую;
- Добавлены новые опции в диалоге копирования при перезаписи файлов: сравнение по содержимому, переименование, автоматическое переименование, копирование всех файлов — большего или меньшего размера;
- Установлена максимальная длина командной строки;
- Сортировка нескольким атрибутам (колонкам): Ctrl+Click на дополнительной колонке;
- Автозаполнение командной строки, текущей директории, диалога копирования и т.д.;
- Использование комбинации Shift+Del для удаления лишних позиций в выпадающих списках: командной строке, поиске, переименовании и т.д.;
- Безопасное FTP-соединение через SSL/TLS (необходимы дополнительные OpenSSL-библиотеки);
- Настраиваемые пользовательские команды для главного меню и горячих клавиш;
- Алиасы команд (сокращения) для командной строки (для внутренних команд и внешних программ);
- Диалог перезаписи даёт возможность создания превью и настраиваемых полей;
- Возможность файловых операций под учётной записью пользователя с правами администратора (для доступа к закрытым папкам необходимо ввести пароль администратора);
- Поиск на FTP-серверах;
- Создание ZIP-архивов размером более 2GB.- Создание ZIP-архивов размером более 2GB.

Изменения:
2.99 (31.12.08)
* Обновлен редактор вместо блокнота AkelPad до 4.12 Final
* Обновлена утилита записи дисков Discs Studio 3.0.1 Beta
* Обновлен чистильщик реестра Registry Cleaner к 3.91.138
* Обновлен чистильщик диска Wise Disk Cleaner до 3.81.128
* Обновлен модуль открытия паролей Password Cracker 3.7.7
* Обновлен плагин для работы с mht-файлами MhtUnPack 0.43
* Обновлен плагин открытия графики Imagine до 1.0.5 Final